수출입 검역검사 조치는 불량제품 수입을 비롯한 전염병 등이 전파되는 것을 방지하기도 하지만 다른 한편 자유무역에 장애가 되는 주요한 비관세장벽의 역할을 하기도한다. 이와 같이 수출입 검역검사는 긍정적인 측면과 부정적인 측면의 양면성을 가지고있기 때문에 국가 간의 위생검역을 위한 협력은 검역검사의 긍정적인 작용을 이끌고부정적인 작용을 줄이는 정책으로 유도하여야 한다. 이에 중국-아세안이 긍정적인 방향으로 검역검사 협력을 추진하는 것은 매우 중요하며 WTO 협정 및 중국-아세안 FTA 협정에 근거한 관련 검역검사 협정을 기초로 하여 중국-아세안 각국 검역검사 기관이주체가 되어 서로 긍정적인 방향으로 진행할 필요성이 강조된다. 이러한 정책방향에도불구하고 11개 국가로 구성된 중국-아세안 간의 위생검역의 상이한 법률, 검역검사에대한 제도 및 운영상의 차이로 양측의 협력은 그리 순탄치만은 않다. 이에 본 논문에서는 중국-아세안 각국의 농산물 위생검역 제도와 규정을 통하여 양자 및 다자간 위생검역 협의를 살펴보고 본 협의에 있어서 중국-아세안위생검역의 문제점과 이에 대한 대응방안이 무엇인지를 검토하고자 한다.