Penelitian ini bertujuan untuk mengukur tingkat efisiensi Baitul Maal Wat Tamwil (BMT) dengan mengambil studi kasus BMT MMU dan BMT UGT Sidogiri Pasuruan tingkat cabang dengan total sampel 50 cabang. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah Two Stage DEA. Tahap pertama mengukur tingkat efisiensi BMT MMU dan BMT UGT dengan menggunakan DEA. Tahap kedua menguji faktor-faktor internal dan eksternal, yang mempengaruhi tingkat efisiensi BMT MMU dan BMT UGT dengan menggunakan pendekatan Tobit. Hasil penghitungan DEA menunjukkan, efisiensi overall technical BMT MMU (0,84) dan BMT UGT (0,88) pada tahun 2008 masih kurang optimal. Penyebab utama inefisiensi untuk BMT MMU adalah penyaluran pembiayaan, sementara sumber utama inefisiensi BMT UGT adalah penghimpunan dana pihak ketiga yang kurang maksimal. Hasil pengolahan Tobit menunjukkan bahwa kekuatan modal dan ukuran BMT memiliki pengaruh positif secara signifikan terhadap efisiensi overall technical pada dua BMT. Sementara dari sisi eksternal, PDRB perkapita memiliki pengaruh negatif secara signifikan. Adapun pertumbuhan pengangguran, tingkat pendidikan, dan komitmen keberagamaan tidak berpengaruh secara signifikan.